Pelabuhan Perikanan Nusantara (PPN) Pekalongan semula merupakan Pelabuhan Umum yang pengelolaannya dibawah Departemen Perhubungan, namun karena pada saat itu pemanfaatannya banyak digumakan oleh kapal-kapal perikanan, maka sejak Desember 1974 pengelolaan dan assetnya diserajkan kepada Departemen Pertanian cq. Setelah itu Pemerintah melalui Ditjen Perikanan melakukan pembangunan sarana dan prasaran
a opesional Pelabuhan Perikanan dan berdasarkan Keputusan Menteri Pertanian nomor : 310/Kpts/Org/5/1978 tanggal 28 Mei 1978 resmi menjadi Unit Pelaksana Teknis (UPT) Pelabuhan Perikanan Nusantara Pekalongan. Berdasarkan Keputusan Menteri Kelautan dan Prikanan nomor : KEP.26.I/MEN/2001 tanggal 1 Juni 2001, PPN Pekalongan merupakan UPT Departemen Kelautan dan Perikanan dibidang Prasarana Perikanan yang berada dan bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal Perikanan Tangkap. Daya Tarik
PPN Pekalongan memiliki lokasi wisata, yaitu Wisata Bahari PPN Pekalongan yang dapat di kunjungi oleh masyarakat umum. Wahana yang dapat dijumpai di Wisata Bahari PPN Pekalongan antara lain adalah : Taman Bermain Anak, Wahana Edukasi Air, Gardu Pandang berbentuk Jetty, Sea World mini, dan gazebo untuk tempat pengunjung beristirahat dan menikmati pemandangan lalu lintas kapal masuk dan keluar pelabuhan. Untuk operasional harian, proses pelelangan ikan masih dapat dijumpai di pelabuhan perikanan dengan tipe Nusantara di PPN Pekalongan. Proses Pelalangan Ikan dilakukan di TPI (Tempat Pelelangan Ikan) sekitar pukul 07.00 - 11.00.
