I den 155 m brede indsejling mellem Kronløbsbølgebryderne er dybden 10,0 m i en bredde på 135 m. Indsejlingen til Nordhavnen kan også ske E-fra ad det 6,5 m dybe, afmærkede Lynetteløb over Refshalen. Indsejlingen til Svanemøllehavnen, Færgehavn Nord og Kalkbrænderihavnen sker gennem det afmærkede og 6,3-6,7 m dybe Kalkbrænderiløb, der i SSW-lig retning fører fra Skudeløbet til Kalkbrænderihavnen.
Fra Kronløbet kan passage af Yderhavnen ske gennem et uddybningsområde med dybden 9,1 m. Den videre passage af havnen kan fra ud for S-enden af Langeliniekaj til N-enden af Kvæsthusbroen ske gennem et 50 m bredt sejlløb med dybden 8,5 m. Derfra fortsætter løbet mod S til Knippelsbro med en dybde på 7,5 m. Fra Knippelsbro til Langebro og S-efter langs Islands Brygge fortsætter løbet med en dybde på 7,0 m. Fra ud for S-enden af Islands Brygge fortsætter løbet med en dybde på 6,5 m, hvorefter det ud for Teglholmen deler sig i de afmærkede løb Teglværksløb, med dybden 6,0 m ind til Teglværkshavnen, og Sluseløbet med bredden 65 m og dybden 3,5 m. S for Enghave Brygge findes endvidere det afmærkede og 4,0 m dybe Frederiksholmsløbet. Det afmærkede og 3,5-3,7 m dybe Kalvebodløbet fører fra Køge Bugt N-over langs Vestamager ind til lystbådehavnen Kalveboderne samt jernbanebroen og Sjællandsbroen umiddelbart N herfor. S for jernbanebroen fører fra Kalvebodløbet i NW-lig retning en afmærket og 3,0 m dyb rende ind til Fiskerhavnen. Til Amagerværket fører et løb fra NE. Prøvestensløbet, der er 140 m bredt, fører ind til Prøvestenshavnen fra NE.
